ときは平安時代の中頃。貴族たちが雅な宮廷生活を送る京の都。
そこで宮廷陰陽師として仕える安倍晴明（あべのせいめい／中村倫也）。 人並み外れた陰陽道の才能ゆえに「人と狐の間に生まれた」と噂され、“狐晴明”と呼ばれている。
ある夜、九つの尾を持つ凶星が流れるのを見た彼は急いで参内する。 それは唐の滅亡以降、大陸を戦乱に陥れた九尾の妖狐が日の本に渡ってきた印であった。
しかし、宮廷からうとましく思われている彼は退けられ、九尾の妖狐退治は大陸で学問を修めて戻った陰陽師宗家の跡取り、賀茂利風（かものとしかぜ／向井 理）に命じられる。
だが、すでに九尾の妖狐は利風を倒し、その身体を乗っ取り内裏に侵入していた。
それを見抜いた晴明は、九尾の妖狐を倒さんと動き出す。 しかし妖狐も利風の記憶や術を利用して、晴明の息の根を止めようとする。 晴明には大陸から妖狐を追ってきた狐霊のタオ（吉岡里帆）たちが加勢。 だが、タオとの因縁を逆手に取った妖狐の策略に翻弄されてしまう。 混沌とする戦いは逆転、また逆転の連続に……！
狩られるのは妖狐か、それとも晴明か。
術と頭脳、そして陰陽師の誇りを懸けた死闘が今、幕を開ける――！