ヨーロッパのイベリア半島。
狭い日本を飛び出した天下の大泥棒・石川五右衛門（古田新太）は、女海賊のアンヌ・ザ・トルネード（天海祐希）の用心棒として、地中海で暴れ回っていた。

アンヌが小国コルドニアの王家継承者だと判明。
王亡き後の腐敗政治を聞いた彼女は、生粋の男気で女王就任を引き受ける。

最初の仕事は海賊の討伐。
欧州列強に挟まれているコルドニアは、国を守るためにもこの戦いに参加することになる。

不本意ながらかつての海賊仲間たちと対立することになるアンヌ。
そしてそれは、アンヌの仲間を守っていた五右衛門との対立も意味していた。

一連の出来事を不審に思った五右衛門は、真実を探るため、アンヌのいる城に乗り込んで行くことに。
そこで、五右衛門が見たものは……!?
五右衛門とアンヌ、ふたりの運命やいかに……!!