時に文化文政。巨大都市江戸。
一見平和そうに見えるその裏で、人と鬼との激しい戦いが繰り広げられていた。
江戸の闇から魔を祓うために組織された特務機関“鬼御門(おにみかど)”
病葉出門(わくらばいずも・市川染五郎)は、そこで“鬼殺し”と恐れられる腕利きの魔事師だったが、五年前のある事件を境にそれまでの一切を捨て、今では鶴屋南北一座に弟子入りしていた。 が、謎の女つばき(天海祐希)との出会いが、彼の運命を狂わせた。
なぜか鬼御門に追われるつばきは彼に、「自分の過去を探してくれ」と頼む。彼女の瞳の奥に宿る何物かに惹かれていく出門。
執拗につばきを追う鬼御門の先頭に、出門と兄弟同様に育った安倍邪空(あべのじゃくう・伊原剛志)がいた。
鬼御門の頭領十三代安倍晴明を奸計にはめて葬った邪空。
が、彼は更なる力を求めて、鬼を率いる美形の妖かし美惨(びざん・夏木マリ)と手を組み、彼らの前に立ちはだかる。